SJI начала свою деятельность в середине 2000 года, когда несколько активистов-правозащитников и исследователей в области прав человека помогали жертвам преступлений в Чечне. Активисты-правозащитники устанавливали контакт между этими людьми и адвокатами-международниками, ведущими дела в Европейском суде по правам человека (ЕСПЧ, Страсбург). Позднее, в сентябре 2001 года в Утрехте, Нидерланды, была зарегистрирована НКО SRJI.
С момента своего основания деятельность SJI была сосредоточена на наиболее серьезных нарушениях Европейской конвенции по правам человека, связанных с вооруженными конфликтами и постконфликтными ситуациями. Речь идет об исчезновениях, внесудебных казнях, пытках и несправедливых судебных разбирательствах. В работу SRJI входят дела из Чечни, Ингушетии, Кабардино-Балкарии и Дагестана. В конце 2008 года после последнего конфликта в Южной Осетии по инициативе SRJI начался совместный проект с Ассоциацией молодых юристов Грузии (GILA). В рамках этого проекта ведутся стратегические юридические процессы в ЕСПЧ, связанные с нарушениями прав человека в ходе вооруженных конфликтов на Южном Кавказе. В настоящее время более 30 дел из Южного Кавказа находятся на рассмотрении Европейского суда.
С 2001 года организация проконсультировала более 4000 человек. По статистике к августу 2019 года SJI подала в ЕСПЧ 420 жалоб, по 238 из которых Суд уже вынес положительные постановления. Последним знаковым решением стало постановление "Володина против России", ставшее первым по проблеме домашнего насилия и дискриминации женщин в РФ.
В ответ на быстро расширяющееся прецедентное право Суда на Северном Кавказе SRJI разработала и внедрила уникальную программу исполнения (имплементации) постановлений ЕСПЧ в России. Эта программа сочетает в себе международную защиту и возобновление судопроизводства по конкретным делам на национальном уровне в целях реализации всего потенциала постановлений Европейского Суда.